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李发根

发布者: [发表时间]:2019-10-19 [来源]: [浏览次数]:
姓 名: 李发根
职 称: 研究员
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1、个人简介

李发根 中国林业科学研究院热带林业研究所, 研究员

2000年毕业于江西农业大学林学系,获理学学士学位。2003年毕业于中国科学院华南植物研究所,获理学硕士学位,2010年毕业于中国林业科学研究院,获博士学位。自20037月开始到中国林科院热带林业研究所工作以来,主持和参加项目如下;

广东省自然科学基金,2020A1515010974,整合QTLRNA-seq的桉树材性候选功能基因挖掘及验证,2019-102022-09,在研,主持

中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金重点项目,不同纬度上林木异速生长适应性分化研究,2021-012025-12,在研,主持

中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金,黑木相思和大花序桉心材特性及形成机制研究,2021-012024-12,在研,参加

国家重点研发计划 2016YFD0600101 树木次生生长的基因组学基础 2016-072020-12,在研,参加

广东省林业科技创新项目,2016KJCX014,利用QTL精细定位加速桉树人工林品质改良,2016-052018-12,已结题,主持

国家自然科学基金,31100485,利用高通量测序进行高效的基因分型及尾叶桉和细叶桉bin图谱构建研究,2012-012014-12,已结题,主持

2、大学开始受教育经历

  • 2007/09-2010/07 中国林业科学研究院 林木遗传育种 博士

  • 2000/09-2003/07 中科院华南植物所 植物学   硕士

  • 1996/09-2000/07 江西农业大学  林学   学士

3、研究工作经历

  • 2020/12-至今,中国林业科学研究院热带林业研究所,研究员

  • 2014/12-2020/12,中国林业科学研究院热带林业研究所,副研究员

  • 2013/12-2014/11,澳大利亚CSIRO, Plant Industry,博士后研究

  • 2012/11-2013/11至今,中国林业科学研究院热带林业研究所,副研究员

  • 2012/08-2012/10,澳大利亚塔斯马尼亚大学,访问学者

  • 2005/08-2012/10,中国林业科学研究院热带林业研究所,助理研究员

  • 2003/07-2005/07,中国林业科学研究院热带林业研究所,研究实习员

4、主要论著

  • Fagen Li, Siming Gan*. An optimised protocol for fluorescent-dUTP based SSR genotyping and its application to genetic mapping in Eucalyptus, Silvae Genet, 2011, 60(1): 18-25.

  • Fagen Li, Siming Gan*, Zhaoyuan Zhang, Qijie Weng, Dongyun Xiang, Mei Li. Microsatellite-based Genotyping of the Commercial Eucalyptus Clones Cultivated in China, Silvae Genetica, 2011, 60(5): 216-223.

  • Fagen Li, Fang Yang, Qijie Weng, Guantian Yin, Mei Li, Siming Gan* Generation and analysis of expressed sequence tags (ESTs) for microsatellite marker development in Calamus simplicifolius C. F. Wei. Molecular Breeding, 2013, 31(4): 867-877.

  • Fagen Li#, Changping Zhou#, Qijie Weng, Mei Li, Xiaoli Yu, Yong Guo, Yu Wang, Xiaohong Zhang, Siming Gan*. Comparative genomics analyses reveal extensive chromosome colinearity and novel quantitative trait loci in Eucalyptus. PLoS One, 2015, 10(12) e0145144. doi:10.1371/journal.pone.0145144.

  • Xudong He#, Fagen Li#, Mei Li, Qijie Weng, Jisen Shi, Xiaoyong Mo, Siming Gan* Quantitative genetics of cold hardiness and growth in Eucalyptus as estimated from E. urophylla × E. tereticornis hybrids, New Forest, 2012, 43(3):383-394.

  • Mei Li, Hua Yang, Fagen Li, Fang Yang, Guantian Yin, Siming Gan*. A male-specific SCAR marker in Calamus simplicifolius, a dioecious rattan species endemic to China, Molecular Breeding, 2010, 25(3): 549-551.

  • Xudong He, Fagen Li, Jisen Shi, Siming Gan* Seven Genomic SSRs Revealed in Eucalyptus by Re-sequencing of DNA Sequences from GenBank. Silvae Genetica, 2011, 60(3-4): 92-94.

  • Xudong He, Yu Wang, Fagen Li, Qijie Weng, Mei Li, Lian Xu, Jisen Shi*, Siming Gan* Development of 198 novel EST-derived microsatellites in Eucalyptus (Myrtaceae), American Journal of Botany, 2012, 99: e134-148.

  • Xiaoli Yu, Yong Guo, Xiaohong Zhang, Fagen Li, Qijie Weng, Mei Li, Siming Gan*. Integration of EST-CAPS markers into genetic maps of Eucalyptus urophylla and E. tereticornis and their alignment with E. grandis genome sequence, Silvae Genetica, 2012, 61(6): 247-255.

  • Changpin Zhou, Xudong He, Fagen Li, Qijie Weng, Xiaoli Yu, Yu Wang, Mei Li, Jisen Shi, Siming Gan*. Development of 240 novel EST-SSRs in Eucalyptus L'Hérit. Molecular Breeding, 2014, 33(1): 221-225.

  • Qijie Weng, Xudong He, Fagen Li, Mei Li, Xiaoli Yu, Jisen Shi, Siming Gan* Hybridizing ability and heterosis between Eucalyptus urophylla and E. tereticornis for growth and wood density over two environments, Silvae Genetica, 2014, 63(1-2): 15-24.

  • Jizhong Deng, Huasheng Huang, Xiaoli Yu, Ji Jin, Weisen Lin, Fagen Li, Zhijiao Song, Mei Li, Siming Gan*. DiSNPindel: improved intra-individual SNP and InDel detection in direct amplicon sequencing of a diploid. BMC Bioinformatics, 2015, 16:343. DOI: 10.1186/s12859-015-0790-y.

  • Xiaoli Yu, Changpin Zhou*, Fagen Li, Qijie Weng, Mei Li, Heyu Yang, Siming Gan*. A novel set of EST-InDel markers in Eucalyptus L’He´rit.: polymorphisms, cross-species amplification, physical positions and genetic mapping. Molecular Breeding, 2016, 36: 104. DOI 10.1007/s11032-016-0523-6.

  • Zhang Miaomiao#, Zhou Changpin#, Song Zhijiao#, Weng Qijie, Li Mei, Ji Hongxia, Mo Xiaoyong, Huang Huanhua, Lu Wanhong, Luo Jianzhong, Li Fagen*, Gan Siming*. The first identification of genomic loci in plants associated with resistance to galling insects: a case study in Eucalyptus L'Hér.(Myrtaceae) [J]. Scientific Reports, 2018, 8: 2319.

  • Zhijiao Song#, Miaomiao Zhang#, Fagen Li, Qijie Weng, Chanpin Zhou, Mei Li, Jie Li, Huanhua Huang, Xiaoyong Mo*, Siming Gan*. Genome scans for divergent selection in natural populations of the widespread hardwood species Eucalyptus grandis (Myrtaceae) using microsatellites. Sci Rep, 2016, 6:34941. doi: 10.1038/srep34941.

  • Heyu Yang, Qijie Weng, Fagen Li, Changpin Zhou, Mei Li, Shengkan Chen, Hongxia Ji, Siming Gan*. Genotypic Variation and Genotype-by-Environment Interactions in Growth and Wood Properties in a Cloned Eucalyptus urophylla × E. tereticornis Family in Southern China. Forest Science, 2018, 64(3): 225-232.

  • Shengkan Chen, Qijie Weng, Fagen Li, Mei Li, Changpin Zhou, Siming Gan*. Genetic parameters for growth and wood chemical properties in Eucalyptus urophylla × E. tereticornis hybrids. Annals of Forest Science, 2018, 75: 16.

  • Changpin Zhou#, Li Wang#, Qijie Weng, Fagen Li, Mei Li, Jianbo Chen, Shengkan Chen, Jiabin Lv, Dandan Li, Changrong Li*, Siming Gan*. Association of microsatellite markers with growth and wood mechanical traits in Eucalyptus cloeziana F. Muell. (Myrtaceae). Industrial Crops and Products, 2020, 154. https://doi.org/10.1016/j.indcrop.2020.112702

  • Jiabin Lv#, Changrong Li#, Changpin Zhou#, Jianbo Chen, Fagen Li, Qijie Weng, Mei Li, Yaqin Wang, Shengkan Chen, Jiancheng Chen, Siming Gan*. Genetic diversity analysis of a breeding population of Eucalyptus cloeziana, F. Muell. (Myrtaceae) and extraction of a core germplasm collection using microsatellite markers. Industrial Crops and Products, 2020, 145: 112157. https://doi.org/10.1016/j.indcrop.2020.112157

  • 于晓丽,李发根,翁启杰,周长品,甘四明*,桉树扦插生根和生长性状的QTL定位,林业科学研究,201124(2): 200-204.

  • 翁启杰,李建文,李发根于晓丽,甘四明,桉属树种/种源生长与耐冻性的联合选择,广东林业科技,201228(2)46-50.

  • 宋志姣, 翁启杰, 周长品, 李发根, 李梅, 杨合宇, 卢万鸿, 罗建中, 甘四明*. 细叶桉(Eucalyptus tereticornis)早期生长的SSR标记关联分析. 分子植物育种, 2016, 14(1): 195-203.

  • 杨合宇, 李发根, 翁启杰, 李梅, 陈升侃, 姬红霞, 周长品*, 甘四明*. KingFisher Flex核酸纯化系统上树木叶片DNA的提取方法. 分子植物育种,2017, 15(5): 1854-1861.

  • 贾翠蓉, 朱显亮, 王莉, 周长品, 翁启杰, 甘四明, 李发根*.基于ddGBS的桉树SNP挖掘和系统进化分析.中南林业科技大学学报, 2020, 40(10): 101-108.

  • 周长品, 翁启杰, 甘四明, 姬红霞, 陈升侃, 王莉, 李发根*. 应用SNaPshot技术对桉树SNP的检测. 南京林业大学学报(自然科学版), 2018, 42(4): 83-88.

  • 朱显亮, 兰俊, 王建忠, 翁启杰, 周长品, 甘四明, 李发根*. 中大径材尾细桉杂种无性系选择研究. 南京林业大学学报(自然科学版), 2020, 44(2): 43-50.

  • 何佳悦, 王莉, 贾翠蓉, 朱显亮, 王亚琴, 翁启杰, 周长品, 甘四明, 李发根*. 基于Kingfisher Flex系统树木叶片RNA的提取方法比较及优化. 分子植物育种,202018(9): 3009-3017.

  • 王莉,李昌荣,李发根,周长品,翁启杰,吕佳斌,陈健波,陈剑成,甘四明*.大花序桉群体适应性相关的SSR位点.南京林业大学学报(自然科学版), 2019, 43(5): 59-66.

  • 王莉,李昌荣,李发根,周长品,翁启杰,李梅,吕佳斌,陈健波,陈剑成,项东云,甘四明*.大花序按SSR位点多样性和群体结构分析.分子植物育种,2019,17(13): 4470-4478.

5、专利

  • 甘四明,李发根,翁启杰,李梅,周长品,于晓丽, 一种基于荧光duTP的自动检测SSR分子标记的方法,2013,中国,ZL 2010 1 0239919.8

  • 尹光天,李荣生,李发根,杨锦昌,邹文涛,李建光,鉴别蛇皮果性别的DNA片段、引物和方法,2013,中国,ZL 2012 1 0004925.4

  • 周长品,李昌荣,李发根,翁启杰,陈升侃,王莉,甘四明. 用于鉴定桉树无性系的STR引物及其应用(发明专利): 中国, 201710671363.1. 第三发明人

  • 周长品,李昌荣,李发根,翁启杰,陈升侃,王莉,甘四明. 用于鉴定桉树无性系的STR引物、PCR试剂盒及方法(发明专利): 中国, 201710761216.3. 第三发明人

6、新品种

  • 甘四明,翁启杰,李发根,李梅,吴坤明,吴菊英,洪长福,陈国彪,林东升. 热桉1号,(良种): 20150173. 第三完成人

  • 甘四明,翁启杰,李发根,李梅,吴坤明,吴菊英,洪长福,陈国彪,林东升. 热桉2号,(良种): 20150174. 第三完成人

  • 甘四明,李发根,翁启杰,周长品,李梅,汤建福,王炳南,周建清,洪长福. 热桉4号,(良种): 20200042. 第二完成人

  • 甘四明,周长品,翁启杰,李发根,李梅,汤建福,王炳南,周建清,洪长福. 热桉5号,(良种): 20200043. 第四完成人

  • 甘四明,翁启杰,汤建福,王炳南,周长品,李发根,李梅,周建清,洪长福. 热桉3号,(良种): 20200043. 第四完成人